Seega peaksid tööandja ja töötaja kirjalikult kokku leppima töötaja kodus töötamise tingimused, tööandja kohustused töökoha sisustamisel ja töötajal tekkinud kulude (nt kommunaalkulud) hüvitamine.
Kulu seos ettevõtlusega Eriti oluline on kokku leppida, et töötaja annab teatud osa oma eluruumist (näiteks ühe toa või teatud ruumid) tööandja valdusse, et tööandja saaks töökoha sisustamiseks ja sidepidamiseks tehtud kulutusi lugeda oma ettevõtlusega seotud kuludeks. Kohtupraktikast lähtudes tuleks maksuriskide vältimiseks eriti hoolega tõendada kulude seotust ettevõtlusega ning selle kontrollimiseks tuleb esmalt tuvastada kauba või teenuse soetamise otstarve.
Riigikohus on lahendi 3-3-1-43-09 (Titanium System) punktis 18 märkinud järgmist: “Kaubad ja teenused, mis on soetatud seoses juhatuse liikme omanduses oleva korteri remondiga, tekitatavad kolleegiumi arvates põhjendatult kahtluse selliste kulutuste otstarbes ja seotuses kaebaja ettevõtlusega.Kaebajal tulnuks kahtluse kõrvaldamiseks esitada üksikasjalikke põhjendusi ja ka tõendeid.Kaebaja pidanuks kõigepealt tõendama, et vaidlusalune korter oli tema valduses. Ainuüksi vaidlusaluse korteri kulude kandmine kaebaja poolt ei tõenda valdust ega korteri ettevõtluses kasutamise otstarvet.”
Ettevõtlusega seotud kulu on määratlemata õigusmõiste, TMS-i § 32 märgib vaid, et kulu on ettevõtlusega seotud, kui see on tehtud maksustamisele kuuluva ettevõtlustulu saamise eesmärgil või on vajalik või kohane sellise ettevõtluse säilitamiseks või arendamiseks ning kulu seos ettevõtlusega on selgelt põhjendatud. Seega täpset ettevõtlusega seotud kulude loetelu ei ole olemas ega saa kulusid ka ammendavalt loetleda, mistõttu tuleks kulude tegemisel (nt kodukontori sisustamisel) iga kord fikseerida kulu tegemise eesmärk.Maksustamine sõltub kulu tegemise eesmärgist.Ruumide kasutada andmine ja maksud
Praktikas võiks kodukontorina kasutatavad ruumid kas üürida tööandjale või anda need tasuta tööandja kasutusse. Kui töötaja annab näiteks oma korterist ühe toa, mida ta hakkab kasutama kodukontorina, tööandjale tasuta kasutada, siis tööandja väljamakset ei tee ja tulumaksu kinnipidamist ei teki ning töötajal ei teki ka tulu. Kui aga töötaja üürib tasu eest ruumi tööandjale, siis residendist füüsilisele isikule tehtavalt üüri väljamakselt peetakse 21% tulumaksu kinni.Üüri eest peaks töötaja esitama tööandjale arve või sellises vormis dokumendi, mis vastaks raamatupidamise algdokumendi nõuetele, sest juriidilise isiku väljamaksed peaksid olema kõik tõendatud raamatupidamise algdokumendiga, vältimaks väljamakse pidamist TMS-i § 51 lg 2 p 3 kohaselt ettevõtlusega mitteseotud kuluks. Raamatupidamise algdokumendi kohustuslikud rekvisiidid on toodud raamatupidamise seaduse §-s 7.Seejuures ei maksustata füüsilisele isikule tehtud üürimakset sotsiaalmaksuga.Kui töötaja on lisaks töölepingulisele suhtele veel registreeritud füüsilisest isikust ettevõtja (FIE) ja ruumide üürileandmine on tema kui FIE ettevõtlus, siis FIE-le tehtavalt üürimakselt ei tohi tulumaksu kinni pidada, sest FIE maksab oma ettevõtlustulult nii tulumaksu kui ka sotsiaalmaksu ise.Kui töötaja tegutseb ruumide üürileandmisele FIE-na, siis tuleks selgitada, kas FIE on käibemaksukohustuslane ja kas ruumide üüri on tahetud käibemaksuga maksustada või mitte.!Füüsiline isik saab käibemaksukohustuslaseks olla ainult siis, kui ta on registreeritud FIE ja kinnisasja üüri saab käibemaksuga maksustada ainult teatud juhtudel ja nõuete täitmisel, sest üldjuhul on kinnisasja üür käibemaksuvaba.Käibemaksuseaduse kohaselt eluruumi üüri käibemaksuga maksustada ei või, kuid mitteeluruumina kasutatavaid ehitisi võib käibemaksuga maksustada, kusjuures 2005. aastal on Riigikohus oma lahendis 3-3-1-20-05 märkinud, et käibemaksuga maksustamisel ei ole oluline eluruumi planeeritav eesmärk, vaid eluruumi tegelik kasutamine maksustatavas või maksuvabas käibes, mis tähendab, et kui korterit või selle osa kasutatakse tegelikult mitteeluruumina (nt kontorina), siis on võimalik selle üüri käibemaksuga maksustada. Töötaja kulude hüvitamine
Kui töötaja töötab oma kodus, siis on ilmne, et teatud osa korteri kommunaalteenustest on kasutatud ka kodukontori ruumide tarbeks ja nende kulude hüvitamine peaks olema samuti tööandja ja töötaja vahel kirjalikult kokku lepitud. On selge, et kui tööandja kasutab ainult teatud osa töötaja korterist kodukontorina, siis korteri kommunaalteenuste kasutamise lepingud on sõlminud korteri valdaja ehk töötaja ja kõik kommunaalteenuste arved tuleb tasuda töötajal. Kodukontorile langeva osa kommunaalkulud tuleks aga lugeda tööandja kuluks ning selle osa kommunaalkuludest peaks tööandja hüvitama korteri valdajale ehk töötajale. Kuigi korteri kommunaalteenused (vesi, elekter, küte jne) on kõik maksustatud käibemaksuga, saab töötaja poolt tööandjale esitatavat kommunaalteenuste osa käibemaksuga maksustada ainult siis, kui töötaja on FIE ja käibemaksukohustuslane. Praktikas tähendab see, et töötaja, kes ei ole FIE ega käibemaksukohustuslane, ei saa sisendkäibemaksu maha arvata ja käibemaksuga arvet esitada ning tööandjal tuleks töötajale hüvitada kodukontoriga seotud kommunaalteenused koos käibemaksuga summas, mida tööandja oma mahaarvatava sisendkäibemaksuna käsitleda ei saa, sest töötaja ei saa esitada arvet, milles käibemaks oleks eristatud.Kuivõrd juriidilise isiku ettevõtlusega seotud väljamaksed peaksid olema tõendatud raamatupidamise algdokumendiga, siis peaks töötaja esitama hüvitamisele kuuluvate kommunaalteenuste eest tööandjale arve või sellises vormis dokumendi, mis vastaks raamatupidamise algdokumendi nõuetele.Raske on anda konkreetseid soovitusi selle kohta, kuidas jagada korteri kommunaalkulud töötaja isikliku tarbimise ja kodukontori vahel, sest see sõltub konkreetsetest asjaoludest, kuid proportsioon kahe kulu vahel peaks olema mõistlik ja ratsionaalselt põhjendatud. Mõnikord võib kulude jagamise kriteeriumiks sobida näiteks põrandapindade suhe, kuid kulu iseloomust (näiteks internet, telefon) tulenevalt võiks arvesse võtta ka muid asjaolusid ja kriteeriume. Kui tegemist on tööandja valduses oleva ruumiga, mida töötaja kasutab kodukontorina, siis saab tööandja teatud tööks vajalikud teenused tellida ise ja jagada selle kulu teatud mõistliku proportsiooniga tööandja ja töötaja vahel, kui töötaja kasutab teenust ka isiklikuks otstarbeks või on ilmne, et sellist teenust kasutavad ka ettevõtlusega mitteseotud isikud, näiteks töötaja pereliikmed. Kodukontoris vajaliku mööbli, inventari ja tööriistad peaks soetama tööandja oma kulude arvel.