Ettevõte võidakse registrist kustutada nii ettevõtja avalduse alusel kui ka maksuhalduri algatusel

Maksu- ja Tolliameti aktiivsem käibemaksuregistrisse kantud isikute kontrollimine tuleneb vajadusest tagada, et kanded registris oleksid õiged. Tõhusam kontroll on ajendatud ka käibemaksu pettustest.