.ee nimeliste domeeninimede jaotamise põhimõtete autoriks olnud töögrupi ettepanekutes oli välja toodud mitmed probleemid seoses .ee lõpuliste teise taseme domeeninimede haldamise ja registreerimise korraldusega. Töögrupi sõnul on tänane kasutusel olev süsteem ja reeglid ajale jalgu jäänud. Kehtiva korra puudustele on tähelepanu juhtinud ka Õiguskantsler aprillis 2007. Õiguskantsleri arvamusega saab tutvuda Õiguskantsleri kodulehel (
http://www.oiguskantsler.ee/.files/266.pdf). Puudustena on välja toodud, et praeguste reeglite järgi ei saa domeene registreerida füüsilised isikud, juriidilised isikud ei saa registreerida rohkem kui ühte domeeni ja välismaa juriidilised isikud ei saa .ee lõpulist domeeni üldse. .ee lõpuliste teise taseme domeenide ligikaudne arv täna on ligi 60 000.