Ettevõtlusega tegelemine ei sõltu isiku juriidilisest vormist, vaid tegevuse sisust. Kui MTÜ tegeleb ettevõtlusega, mis toob kaasa käibemaksukohustuse, siis tuleb MTÜ-le tagada ka sisendkäibemaksu mahaarvamise õigus. Kui MTÜ tegeleb nii ettevõtluse kui ka mitteettevõtlusega, siis tuleb sisendkäibemaksu mahaarvamisel arvestada ettevõtluse osakaalu ja lähtuvalt sellest rakendada proportsionaalset sisendkäibemaksu mahaarvamist. MTÜ-de ettevõtluse ja käibemaksukohustuse tekkimise kohta on üldine praktika Eestis alles välja kujunemas. Üldistada palju ei saa.