Avaliku teenistuse seaduse rakenduspraktika käigus on selgunud, et seadusega reguleeritud avalike konkursside protseduure järgitakse põhjendamatult vähe ning avalikke konkursse ei usaldata. Konkursikorralduse peamisteks probleemideks on väga ranged protseduurireeglid seaduse tasandil ning reaalne oht konkursi luhtumiseks (2006. a luhtus 24% konkurssidest).
[3] Atesteerimisest ei ole kujunenud vormi, milles ametnik oma töö ja selle tulemuste kohta süsteemselt ja piisava sagedusega tagasisidet saaks.
[4] Atesteerimist kui hindamisvahendit kasutatakse üha vähem. Ametiasutused näevad atesteerimises tarbetut lisakohustust, sest ametnike hindamiseks kasutatakse alternatiivseid meetodeid – iga-aastased vestlused, kompetentside hindamine jms, mis sisuliselt täidavad samu eesmärke.
[5] Edutamise süsteem on kohmakas ja ebaselge. Edutamisi on kasutatud eelkõige avalikest konkurssidest kõrvalehiilimiseks (ametnik nimetatakse edutamise teel ametikohale, millele tuleks tegelikult välja kuulutada avalik konkurss). Francisco Cardona
[6] toob oma artiklis „Väljakutsed Eesti avaliku teenistuse jätkusuutlikus arengus“ välja, et Eesti avaliku teenistuse õiguslikus raamistikus on palju möödahiilimisvõimalusi, mis ei ole kooskõlas Euroopa standarditega. Ebakõlad avalduvad eelkõige teenistusse võtmisel ja edutamise küsimustes: kompetentsusel põhinev konkurents ei ole kohustuslikuks eelduseks kõigi ametnike ametisse nimetamisel ning edutamise puhul puudub konkurentsinõue sootuks.
[7] Rahvusvahelised organisatsioonid soovitavad seadusega tagada võrdsed võimalused avalikku teenistusse sisenemisel ning karjääriks. Ametnike valik peab olema tagatud õiglase ja avatud konkursi kaudu ning põhinema kompetentsusel. Hindamissüsteemi kehtestamisel tuleb lähtuda sellest, et süsteem oleks objektiivne, ühtne ning fookustatud soorituse parandamisele.
Avaliku teenistuse palgakorralduse peamiseks probleemiks on palgasüsteemi läbipaistmatus – seadusega sätestatu ja rakendatava palgakorralduse vahel on suur erinevus. Põhipalga osakaal lõpp-palgast on ebaproportsionaalselt väike, konkurentsivõimeliste palkade maksmiseks tuleb palgakomponente kombineerida (ametniku palk moodustub enamasti palga diferentseerimisest ja erinevatest lisatasudest). Samuti ei ole ametniku palk seotud töö tulemuslikkusega – ei ole kujunenud selget seost ametikoha töö sisu ja keerukuse ning palgamäära vahel. Euroopa Nõukogu soovituste kohaselt peab ametnikel olema nende kohustustele ja funktsioonile vastav palk. Tasustamine peab kindlustama, et ametnikud ei tegeleks korruptsiooniga ega tegevustega, mis ei sobi kokku avalike ülesannete täitmisega. Ametnike palgatase peaks põhiosas olema tingitud ametniku teostatavatest ülesannetest. Palk võiks põhiosas koosneda põhipalgast, mida täiendatakse lisatasude ja tulemustasuga.
[8]Avaliku teenistuse toimimise ja arengu eest vastutavad eelkõige kolm institutsiooni: Justiitsministeerium, Rahandusministeerium ja Riigikantselei. Avaliku teenistuse kui terviku küsimustega ei tegeleta süsteemselt, mistõttu on vastutus erinevate asutuste vahel ning koordineerimistegevuse eesmärgid ebaselged. Cardona on märkinud, et Euroopa Liidu kõigis 15 „vanas“ liikmesriigis on ühele kesksele institutsioonile antud vastutus ja piisavalt võimu, et tagada oluliste süsteemiüleste põhimõtete ja ühiste standardite järgimine avalikus teenistuses.
[9] Eesti avalik teenistus vajaks samuti selge pädevuse ning piisava võimega avaliku teenistuse eest vastutavat keskset organit.
Reformierakonna, Isamaa ja Res Publica Liidu ning Sotsiaaldemokraatliku Erakonna valitsusliidu programmis aastateks 2007–2011 on märgitud järgmised avalikku teenistust puudutavad eesmärgid:
1) vähendatakse oluliselt avalike teenistujate arvu, laiendades riigi ja kohaliku omavalitsuse asutustes võimalusi töötada töölepingu alusel;
2) suurendatakse avaliku sektori palgakulu üksnes samas tempos nominaalse tootlikkuse kasvuga erasektoris;3) suurendatakse avaliku sektori palgapoliitika läbipaistvust ja avaliku sektori palkade konkurentsivõimelisust;4) ühtlustatakse eri haldusalades, kuid samades valdkondades töötavate avalike teenistujate palgapoliitika;5) avalikustatakse kõigi avaliku sektori töötajate palgad;6) toetatakse töötajate võrdset kohtlemist ega toetata täiendavate eripensionide sisseseadmist.
Täiendavalt märgitakse, et valitsusliit võtab eelnimetatud eesmärkidest lähtuvalt vastu uue avaliku teenistuse seaduse.
Justiitsministeeriumi 2007. ja 2008. aasta tööplaanid näevad ette töötada välja avaliku teenistuse kontseptuaalsed alused ning koostada avaliku teenistuse seaduse eelnõu. Sellest tulenevalt valmis Justiitsministeeriumis
õigusvõrdlev analüüs, mille eesmärgiks oli, kehtiva avaliku teenistuse õiguslike aluste võrdlemisel teiste Euroopa riikide regulatsioonidega ja Eesti õiguskorra probleemidest tulenevalt, teha ettepanekuid Eesti avaliku teenistuse regulatsiooni muutmiseks või uue regulatsiooni väljatöötamiseks. Valitsusliidu programmist ning Justiitsministeeriumi analüüsist lähtudes peab uus avaliku teenistuse seadus tagama efektiivse, paindliku, avatud, läbipaistva ja jätkusuutliku avaliku teenistuse ning kompetentsed, usaldusväärsed, tulemustele orienteeritud ja motiveeritud ametnikud. Uue avaliku teenistuse regulatsiooni koostamisel tuleb kindlasti arvestada ka uue töölepinguseadusega, mille sätted hakkavad edaspidi osaliselt kehtima ka avalikus teenistuses.