Peamine muudatus seisneb selles, et alates 1. jaanuarist 2010 esitatakse tagastustaotlused elektrooniliselt ettevõtja asukohariigi maksuhalduri kaudu, kes omakorda edastab taotluse tagastava riigi maksuhaldurile. kalendriaastas ja 400 eurot juhul, kui tagastamisperiood on lühem kui kalendriaasta, või riigi vääringus väljendatud samaväärsed summad. ja 6258 krooni. Samas tuleb arvestada, et liikmesriikidel on õigus kehtestada määr, mille ületamisel arvete elektroonsete koopiate lisamine taotlusele on kohustuslik. Maksustatav summa arvel peab olema vähemalt 1000 eurot või kütusearve puhul 250 eurot või riigi vääringus väljendatud samaväärsed summad. Täpsemad juhendid iga riigi nõuete kohta tehakse kättesaadavaks samuti e-maksuametis/e-tollis. Kui nimetatud proportsioon tagastamisperioodi lõpuks muutub, on käibemaksu tagastamist taotlenud isikul kohustus korrigeerida tagastatava käibemaksu summat. Tagastaval liikmesriigil on kohustus teha otsus 4 - 8 kuu jooksul taotluse saabumisest. Kui puudub vajadus lisateabe järele, tehakse otsus tagastamise kohta 4 kuu jooksul. Kui küsitakse lisateavet, tehakse otsus 6 kuu jooksul taotluse saamisest. Kui maksuhaldur vajab veel täiendavaid andmeid, võib tagastamise tähtaeg pikeneda maksimaalselt 8 kuuni. Kui maksuhaldur rahuldab käibemaksu tagastamise taotluse, siis tagastatakse käibemaks hiljemalt 10 tööpäeva jooksul alates maksukohustuslasele taotluse rahuldamise otsusest teatamisest. Maksuhalduril on kohustus tasuda intressi, kui tagastamise tähtajast kinni ei peeta. Intressi ei tasuta juhul, kui taotleja ei ole temale antud tähtaja jooksul esitanud nõutud lisateavet.
Taotluse vormilise osa nõuetele vastavust kontrollitakse automaatselt taotleja asukoha liikmesriigi elektroonilise süsteemi abil. Taotluse sisulist osa kontrollib ja otsuse käibemaksusumma tagastamise kohta teeb tagastava liikmesriigi maksuhaldur.Seega Eesti ettevõtja, kellel on õigus teises liikmesriigis tehtud kulutustelt käibemaksu tagasi taotleda, täidab e-maksuametis/e-tollis taotluse vormi, mis jõuab tagastava riigi maksuhaldurini elektroonilisel teel. Pabervormil taotlust alates 2010. aastast liikmesriikide vahel ei kasutata. Ühenduseväliste riikide puhul jääb kehtima varasem kord.Uut korda kohaldatakse kõigile pärast 31. detsembrit 2009 esitatud tagastustaotlustele. Tagastustaotlus tuleb esitada Maksu- ja Tolliametile hiljemalt tagastamisperioodile järgneva kalendriaasta 30. septembriks. 2009. aasta eest saab taotlusi esitada kuni 30. septembrini 2010.Tagastamisperiood on periood, mille kohta taotlus esitatakse. Tagastamisperiood ei tohi olla pikem kui kalendriaasta ega lühem kui kolm kuud. Lühema kui kolmekuulise perioodi kohta võib taotluse esitada üksnes juhul, kui ajavahemik hõlmab kalendriaasta lõpuni jäänud aega. Taotlusele ei pea enam lisama tõendit, et ettevõtja on registreeritud oma asukohamaal käibemaksukohustuslasena. Vastav kontroll teostatakse maksuhalduri poolt enne taotluse edastamist tagastamisliikmesriiki. Muutuvad käibemaksu tagastamise piirmäärad
Tagastamise miinimummäär teisest liikmesriigist on 50 eurot
Eestis on vastavad piirmäärad 782
Kaob nõue taotlusele lisatavate originaalarvete osas.
Uuendusena on taotluses vajalik näidata sisendkäibemaksu osalise mahaarvamise korral arvestatav proportsioon, kui taotleja ei saa asukohariigis maha arvata kogu sisendkäibemaksu.
Sätestatakse tähtajad otsuse tegemiseks, täiendava info esitamiseks tagastavale liikmesriigile ning pärast otsuse tegemist tagastamisele kuuluva maksusumma ülekandmiseks.