Raamatupidamisseaduse § 43 lõige 1 alusel võivad FIE-d raamatupidamismeetodit vabalt valida. Need ettevõtjad, kes peavad tekkepõhist raamatupidamist, on kohustatud tuludeklaratsiooni täitmiseks (majandusaasta lõpus ehk siis järgmisel aastal) arvestama tulud ja kulud kassapõhiselt. Käibemaksuarvestus on iseseisev arvepidamine, mis ei sõltu muust raamatupidamisest. FIE-l on võimalus ka käibemaksuarvestust kassapõhiselt pidada. Selleks tuleb esitada MTA-le kirjalik teatis, et soovitakse hakata pidama käibemaksu kassapõhist arvestust. Nendelt, kes pole oma käibemaksuarvestuse kohta mingit teadet andnud, eeldatakse, et arvestusmeetod on tekkepõhine. Kassapõhise käibemaksuarvestuse juures on arvestusperioodi pikkus oluline. Väikese käibega ettevõtjad võivad taotleda kuust pikemat käibemaksu arvestusperioodi.